Lê Khanh là con của hai nghệ sĩ kịch nói NSƯT Trần Tiến và NSƯT Lê Mai, là em của NSƯT Lê Vân, diễn viên điện ảnh, nghệ sĩ múa, và là chị của NSƯT Lê Vi, nghệ sĩ múa.

Chồng chị là đạo diễn, Nghệ sĩ Ưu tú Phạm Việt Thanh[2]. Trước khi kết hôn với Lê Khanh, Phạm Việt Thanh đã từng kết hôn và có một con gái riêng. Phạm Việt Thanh và Lê Khanh có chung với nhau hai con, con gái sinh năm 1995, con trai sinh năm 1997.[3][4][5]